Pelabuhan Malundung merupakan pelabuhan laut terbesar di Provinsi Kalimantan Utara yang tidak hanya melayani barang/penumpang tujuan Tarakan, tetapi daerah sekitarnya antara lain Kabupaten Tana Tidung, Kabupaten Malinau, dan Kabupaten Bulungan. Pada pelabuhan ini, kapal yang berlabuh antara lain kapal penumpang (kapal pelni dan swasta) dan kapal barang. Karantina Wilker Pelabuhan Malundung melaksanakan kegiatan operasional perkarantinaan hewan dan tumbuhan dalam upaya pencegahan masuk dan tersebarnya HPHK/OPTK sesuai dengan amanat UU Nomor 16 Tahun 1992 tentang Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan. Didalam pelaksanaan tugas hariannya karantina Wilker pelabuhan Malundung melakukan pengawasan lalulintas media pembawa yang masuk dan keluar melalui pelabuhan, Kegiatan karantina hewan yang dominan di Wilker Pelabuhan Malundung adalah pemasukan sapi dan kambing potong dari propinsi Gorontalo, Sulawesi Selatan, dan Sulawesi Tengah. Selain itu, daging unggas (ayam dan bebek) dan pakan ternak dari Pare-pare, Surabaya dan telur ayam konsumsi dari Pare-Pare. Pemeriksaan yang dilakukan meliputi pemeriksaan dokumen, klinis, organoleptik, serta jika diperlukan dilakukan pengambilan sampel untuk diperiksa di laboratorium Balai Karantina Pertanian Kelas II Tarakan atau laboratorium veteriner lainnya.

Selain Pelabuhan Malundung, Kantor Pelayanan Karantina Wilker Pelabuhan Malundung juga melakukan pengawasan barang yang dilalulintaskan melalui pelabuhan penyeberangan Tengkayu, penyeberangan Jembatan besi Beringin, Pelabuhan Fery Juwata dan tempat-tempat penyeberangan lainya yang tesebar sepanjang pantai Tarakan yang belum ditetapkan sebagai pintu masuk resmi.  Umumnya kapal-kapal tersebut membawa barang-barang komoditas keperluan sehari-hari dari Pare-pare, Gorontalo dan daerah sekitar tarakan.

Adapun komoditas hewan dan tumbuhan yang menjadi media pembawa HPHK/OPTK yang sering dilalulintaskan melalui wilker Pelabuhan Malundung antara lain:

1. MP yang Keluar :ayam, burung, sapi, anjing, kulit sapi,bibit-bibit tanaman, karnel sawit/palm carnel dll.
2. MP yang Masuk :sapi potong, kerbau potong, telur ayam konsumsi, daging bebek beku, daging ayam beku, buah-buahan segar, bibit-bibit tanaman, bibit sawit, sayur-sayuran, bibit bunga dll.