Bandar Udara Internasional Juwata Tarakan merupakan bandar udara terbesar di Provinsi Kalimantan Utara yang dikelola oleh Kementerian Perhubungan. Rute penerbangan dari/ke kota besar seluruh Indonesia (Garuda, Lion, Sriwijaya), penerbangan luar negeri wingsair tujuan tawau Malaysia selain itu juga terdapat penerbangan perintis (Kalstar, Susiair) dari/ke daerah pedalaman Kalimantan Utara. Wilker Bandara Juwata berada persis di samping pintu masuk Bandar Udara Juwata tepatnya di berada di jalan Mulawarman, Kegiatan yang dominan di Wilker Bandara Juwata adalah pemasukan DOC broiler dari Balikpapan, jenis unggas kecil seperti burung,sarang kering wallet dan bibit-bibit tanaman seperti gaharu, jenis bibit tanaman hias, sayur-sayuran seperti cabai, wortel, kentang yang berasal dari Makasar dan Surabaya, selain itu ada beberapa jenis hewan kesayangan dan hewan exotic yang dimasukkan namun dengan frekuensi rendah, antara lain : anjing, kucing, kelinci, hamster, serta daging ayam yang berasal dari pulau Jawa. Pemeriksaan yang dilakukan berupa pemeriksaan dokumen dan fisik/organoleptik/kemasan serta pemberian perlakuan dan pengobatan pada hewan yang akan dilalulintaskan. Pengambilan sampel dilakukan pada media pembawa yang pada pemeriksaan klinis/organoleptik menurut dokter hewan perlu dilakukan pemeriksaan laboratorium.

Selain sebagai kantor pelayanan wilker Bandara Juwata juga memiliki fasilitas laboratorium yang lengkap untuk mendukung tugas dan fungsi karantina selain itu fasilitas pendukung seperti kandang penahanan, ruang incenerator dan screen house juga dilengkapi,  sarana olah raga lapangan badminton juga disiapkan untuk kegiatan olahraga bersama para pegawai dan keluarga.